Christianshavns Apotek er et af de ældste apoteker i København. Apoteket blev grundlagt
d. 1. marts 1707.
En del af inventaret fra dengang er udstillet i "Den gamle By" i Århus samt på Medicinsk-historisk Museum i København.
Apoteket flyttede ind i Lagkagehuset i 1931, i Torvegade 45.
I februar 2003 blev Islands Brygge apotek en filial af Christianshavns apotek og i juni samme år flyttede apotek til Torvegade 47 i nye tidssvarende lokaler.

Enhjørningen, som idag pryder apotekets facade, har altid været apotekets bomærke. Det vides ikke hvorfra den stammer eller hvornår den kom til. Det første vidnedsbyrd på enhjørningen er fra Nikolai Jonges "Kjøbenhavns beskrivelse", del 2 fra 1783.

Christianshavns Apotek lægger i dag vægt på et højt informationsniveau i skranken samt på en hurtig og venlig ekspedition.

Christianshavns Apotek har alle dage haft en særlig tilknytning til søens folk. I første udgave af "Lægebog for Søfarende" henvises endda direkte til Christianshavns Apotek med hensyn til levering og komplementering af skibskister. Forbindelsen er holdt ved lige, og også idag har Christianshavns Apotek en skibsafdeling. Apoteket har leverancer af skibsmedicin såvel til indenrigsfart som udenrigsfart.